Благотворительный фонд «Новый учитель» реализует программы по поддержке и развитию школьного образования в России. Ключевая и самая масштабная программа фонда — «Учитель для России». Её участники становятся учителями в школах будучи выпускниками ведущих вузов страны и профессионалами из разных сфер. Новые учителя проходят многоступенчатый отбор, получают профессиональную переподготовку и в течение 2 лет работают в школах, обеспечивая равенство образовательных возможностей для детей в регионах.

Кроме того фонд «Новый учитель» реализует программу языковой и социальной адаптации детей-мигрантов «Одинаково разные»; программу «Школа поддержки», которая направлена на преобразование социальных и психологических служб в школах; бесплатную онлайн-школу по дополнительной подготовке старшеклассников к госэкзаменам «Территория онлайн» и проект «(в) Месте», в рамках которого дети меняют пространство школы под руководством профессиональных дизайнеров. Ещё одна программа фонда «Управленческий трек» поддерживает начинающих руководителей региональных школ, а программа «Третий год» обеспечивает грантовую поддержку выпускников «Учитель для России», которые после выпуска остаются в школе на ещё один год, продолжают преподавание, ведут внеурочную деятельность и реализуют свой проект.